Masalah Keamanan Yang terjadi pada Open Source Desktop antara lain:

1. Bug yaitu kesalahan karena ketidaksengajaan dan kecerobohan programmer\

2.Chameleons yaitu program yang diselundupkan ke suatu sistem komputer untuk mencuri data /informasi

3.Logic Bomb yaitu bom yang dikirim ke sistem komputer dan sewaktu-waktu bisa meledak bila pemicunya diaktifkan

4.Trojan Horse yaitu sabotase dan pengerusakan terhadap sistem komputer yang dijangkitinya.

5.Worm yaitu suatu program pengganggu yang dapat memperbanyak diri dan akan selalu berusaha menyebarkan diri dari satu komputer ke komputer yang lain dalam suatu jaringan.

Masalah Keamanan Yang terjadi pada Open Source Berbasis Web antara lain:

1.Web dafacement yaitu serangan yang bertujuan merubah tampilan utama sebuah situs website.

2.denial of Services seringkali dikenall dengan DDoS(Distributed Denial of Services) yang tujuan utamanya menghentikan atau meniadakan layanan (services) sistem atau jaringan komputer – sehingga sang pengguna tidak dapat menikmati fungsionalitas dari layanan tersebut – dengan cara mengganggu ketersediaan komponen sumber daya yang terkait dengannya.

3.Botnet(Robot Network) yaitu serangan yang aktifitasnya dipicu dari disusupkannya program-program kecil yang bersifat semacam viruz ke dalam berbagai sistem komputer server yang ada dalam jejaring internet tanpa sepengatahuan pemiliknya.

4.Phising yaitu proses pra serangan atau “soft attack” dimana sang penyerang berusha mencari informasi  rahasia dari target dengan cara menyamar menjadi pihak yang dapat dipercaya – atau seolah-olah merupakan pihak yang sesungguhnya.

5.SQL Injection merupakan cara mengeksploitasi celah keamanan yang muncul pada level atau “layer” database dan aplikasinya.

6. Cross Site Scripting yaitu suatu serangan dengan menggunakan mekanisme “injection” pada aplikasi web dengan memanfaatkan metode HTTP GET atau HTTP POST

Dibawah ini merupakan contoh situs yang di hack